A nova Ordem da Pedra (que consiste em Jesse, Axel, Petra, Olivia, mas não Lukas) chega a um templo na selva, ansioso para encontrar o tesouro. Depois de resolver um quebra-cabeça, eles desciam para encontrar o tesouro (um pedreiro e aço encantado), mas são cercados por mobs hostis. Mal escapar da morte, a Ordem decide ir ver Ivor para falar com ele sobre o sílex e o aço que encontraram. No caminho de volta, eles são interrompidos pelas Blaze Rods (anteriormente os Ocelots e agora sem Lukas), falando sobre a Ordem, além do seu antigo membro, Lukas. Depois que Jesse ameaça lutar contra eles, eles param de irritá-los e caminhar para a selva, Aiden advertiu Jesse que as coisas nem sempre seriam assim.
De volta a casa, Ivor é encontrado construindo uma casa de lava que é considerada "insegura" pelos cidadãos. O jogador pode escolher se deve ser mantido ou se deve ser demolido pelos cidadãos. No entanto, Ivor, Petra, Jesse e Lukas se encontram no tesouro do palácio da Ordem. Ivor é mostrado o sílex e aço encantado quando percebe que pode levá-los ao Eversource. Sem tempo para desperdiçar, todos voltam para o templo e encontram um portal, mas, ao acenderem, os Blaze Rods entram primeiro no portal, seguidos por Jesse, Lukas, Petra e Ivor.
O portal traz os quatro (Jesse, Lukas, Petra e Ivor) para uma ilha no céu que está perto de "Sky City", uma cidade onde a construção não autorizada é proibida. No entanto, os quatro construíram para a Sky City criando uma ponte de sujeira. De lá, eles se encontram com Milo, uma pessoa bem conhecida da Sky City. Antes que eles pudessem obter informações sobre o paradeiro da Blaze Rods, toda a cidade é convocada para uma reunião de emergência. Isa, o fundador da Sky City, ameaça prender Jesse para construir a ponte, mas Ivor decide se virar em vez disso.
Se o jogador vai com Ivor, Jesse e Lukas também se entregam e se encontram com o Fundador. Jesse conversou com o Fundador, explicando por que eles não são criminosos. No entanto, o Fundador envia todos os três para a prisão, mas Reginald vê que eles não são realmente criminosos e estão aqui para parar o Blaze Rods, então ele os deixa livres para parar Aiden.
Da mesma forma, se o jogador vai com Milo, Lukas será capturado de qualquer maneira e Jesse e Petra vão para um quarto secreto na pousada que abriga o Clube de Construção. Também é revelado que Milo é o líder do referido clube, mas para que os construtores tenham certeza de que eles são "construtores", Jesse deve elaborar uma bigorna, um golem de ferro ou botas de ferro. Milo, Jesse e Petra então dirigem-se ao palácio para parar o Blaze Rods.
Na sala do trono, todos os cinco se encontram e se dirigem para a sala de recursos, alinhados com cofres cheios de ovos de criação. O grupo encontra com sucesso a Eversource, o que acaba por ser uma galinha que faz ovos para criar. Isa e Aiden aparecem para detê-los, com o Blaze Rods traindo Isa e empurrando Jesse e Isa (Lukas também se o jogador não o ajuda a lutar contra Aiden) fora de uma borda no Vazio. Isa está surpreso, no entanto, que há terra abaixo da Sky City, e pede desculpas a Jesse pelas questões anteriores. Com isso, Jesse e Isa (Se Lukas foi empurrado, ele terá que ficar para se recuperar de sua lesão) construir até Sky City para parar Aiden.
De volta à Sky City, o Blaze Rods está gerando centenas de mobs como ghasts e zumbis para destruir a cidade, mas Jesse e Isa passam por eles com facilidade. Ivor dá a Jesse uma poção de escolha do jogador para passar pelos outros dois membros da Blaze Rods para se encontrar com Aiden. Aiden gera dois Blazes para parar Jesse, mas são mortos com facilidade. Aiden e Jesse, então, lutaram contra a espada, com Jesse pegando a vantagem e derrubando a espada de Aiden. Percebendo seu destino, Aiden não tem escolha senão render-se e devolver a Jesse o sílex e o aço encantado. O jogador pode escolher enviar Aiden ao lado da Sky City, afastar-se dele ou tomar Aiden. (Todas as escolhas, mas tomar Aiden com você levará a Aiden a cair numa cachoeira)
De volta à entrada de Sky City, os cidadãos não têm escolha senão cair a cachoeira em direção à terra, surpreso com o que vêem. Tanto Isa como Milo querem ter o poder total das pessoas, mas cabe ao jogador decidir se Milo deve ter poder, Isa deveria ter poder ou se ambos deveriam compartilhar poder. Aiden e The Blaze Rods são formalmente presos, enquanto Isa dá Jesse a coroa da Eversource como sinal de gratidão. Os quatro seguem de volta para casa, mas o portal leva-os a uma área cheia de dezenas de dezenas de portais diferentes.