Shaun, ismertebb nevén az Atya, az Egyedüli Túlélő fia, és az Intézet vezetője 2287-ben. Ő a főellenség a Fallout 4-ben, kivéve, ha a játkos az ő oldalára áll.
Shaun kevesebb, mint egy éves volt 2077 Októberében. Október 23.-án, A Nagy Háború kezdetén, a szülei elviszik őt a legközelebbi 111-es bunkerbe, épp azelőtt, hogy az atom bombák lesújtanának a Nemzetközösségre. Nem tudván mi az igazi célja a bunkernek, Shaunt és szüleit hibernált állapotba helyezik. Körülbelül hat hónappal a fagyasztás után, lázadás ütötte fel a fejét és a személyzet elhagyta a 111-es bunkert, hátrahagyva azokat, akik hibernált állapotban tudatlanul fekszenek.
A bunker lakóit érintetlenül hagyták a következő 150 évben, amíg az Intézet tudomására nem jutott a hely. Ilyenkorra az Intézet dolgozói elkeseredetten kutattak olyan genetikai állomány után, amire nem hatott a radioaktivitás. Az állomány a harmadik generációs synth projekthez kellett. A gyermek, Shaun, tökéletes forrásnak bizonyult, hisz DNS-ét nem fertőzte meg a külvilág. Valamikor 2227-ben, Az Intézet saját zsoldosát, Conrad Kellogg-ot küldte Shaun begyűjtésére. Két másik Intézeti technikussal, Kellogg rátalált Shaunra, és szüleire. A szülő, aki Shaun-t fogta nem adta gyermekét, és Kellogg meggyilkolta. Ő aztán a másik szülőhöz fordult, és újrahibernáltatta őt, megölve minden más résztvevőt. Shaun túlélő szülője, kit később a 111-es bunker Egyedüli Túlélőjeként ismerünk, 2287-ben kiszabadul a bunkerből.
Shaun-t, az Intézet, saját gyermekeként nevelte, később az Atyának keresztelték, amiért az ő génállományát használták fel a harmadik generációs syntekhez. Később ő lett az Intézet vezetője. Az Egyedüli Túlélő később megtalálja Shaun-t és választhatja, hogy mellé áll vagy ellene fordul.
Shaun meggyőződése, hogy az Intézet az egyetlen reménye az emberiségnek és próbálja meggyőzni az Egyedüli Túlélőt. Majdnem teljes hozzáférést ad neki Az Intézet minden szekciójába, bemutatja a személyzetnek, sőt, még küldetéseket is adnak neki, hogy gyűjtse be a hibás syntheket. Majdhogynem fanatikusan áll hozzá Shaun, hogy Az Intézet az emberiség jövője. Alaptalanul attól fél, hogy a felszín potenciálisan fenyegeti a Népközösséget és az Intézetet. Végül Shaun azt akarja, hogy az emberiséget méginkább a föld alá helyezzék, messze a sugárzástól és a veszélyes felszíni világtól.
Shaun nem követeli meg az Intézet személyzetétől, hogy ugyanezt gondolják. Ő méginkább nyitott afelé, hogy külsős embereket vonjanak be Az Intézet működésébe, mint Madison Li-t. Azt sem bánja, ha szülője nem támogatja vízióját a világ működésével kapcsolatban, mindaddig, amíg nem veszélyeztetik az Intézetet. A Nuclear Family küldetés során, amikor az egyedüli túlélő állítja, hogy nem képes átvenni Shaun helyét vezetőként, Shaun bátorítja őt, hogy a saját útját járja, ahelyett, hogy az ő nyomdokaiba lépne.
Mivel a szülei helyett az Intézet nevelte fel, Shaunból hiányzik az együttérzés. Úgy gondolja szülője halála járulékos veszteség, ami eléggé feldühíti még élő szülőjét. Igaz, sosem bocsátott meg Conrad Kelloggnak, az Incidens miatt. Bár hiányzik az együttérzés belőle, Shaun mégis bocsánatot kér A Vasút elpusztítása miatt, mégha nem is ő rendelte el.
Azt is bevallja, hogy az ő személyes döntése volt az Egyedüli Túlélő kiolvasztása, és nem egy hiba a bunkerben. Irónikusnak gondolja, hogy idősebb szülője fiatalabbnak néz ki, mint ő maga.
Később kiderül, hogy Shaun-nak igen agresszív rákja van, és az Egyedüli Túlélő egyik befejezési opciója az, hogy átvegye Shaun helyét, mint az Intézet vezetője.