Problemas con un gran WordPress

Hola @esnova

Como bien comenta @sancastiza los plugins suelen ser el major problema, ya que mientras mas tengas mas consultas tendras y mas consumo, vamos mas de todo.
Nota: Tenerlos desactivados tambien consume, asi que si realmente no se usa eliminalo.

Para optimizar las consulta del WordPress, tendrias crearte tu propio WordPress.
Cuando se creo el WordPress, establecieron como se hacian las consultas y hoy en dia es imposible cambiarlo.

Mi sugerencia, basandome en que tienes un servidor dedicado seria:

En el servidor instala un sistema de cache como por ejemplo Vanish.
En el servidor instala redis, es otro sistema de cache pero destinado mas a la base de datos y configura el WordPress para que lo use, existen plugin en el repositorio.
En el WordPress instala un plugin de cache para mostrar el contenido estaticamente en ver de dinamicamente, aunque el Vanish podriamos decir que lo hace, seria otra opcion para mejorar los tiempos. No te recomiendo ninguno porque con ese volumen nunca he probado algun plugin, con ese volumen solo lo he viston en Prestashop.

Sobre la base de datos en si.
Te recomiendo usar innodb y configurarlo para que responda adecuadamente.
Eliminar cualquier tabla que no este en uso, muchos plugins usan sus propias tablas y cuando se eliminan no borrar las tablas.
Eliminar de la tabla options cualquier fila que no se use, esto deberia hacerlo un profesional ya que es donde se guardan los ajustes tanto del WordPress como de los plugins y themes, entre otras cosas.
En la misma tabla desactivar el autoload de las filas que no sea necesario, por defecto el WordPress usa ese valor para determinar que filas obtiene en cada carga, esto tambien deberia hacerlo un profesional, para evitar sorpresas.
En teoria los plugins deberian configurarlo adecuadamente cuando crear sus opciones pero no lo suelen hacer y el WordPress por defecto lo tiene con un valor positivo.

Resumiendo, para conseguir que te funcione bien tienes que optimizar el rendimiento del servidor, Da igual que tengas 35GB de ram cuando las aplicaciones que se encargan no estan correctamente configuradas, aplicaciones me refiero al PHP, Apache, MySQL, etc… Obviamenre tambien optimizar el comportamiento del WordPress ya que esta pensado para multiples usos y cada instalacion requiere sus ajustes. Asi que como ultima sugerencia deberias consultar a un profesional para que se encargue, aunque existen muchas tutoriales, videos, etc… Son genericos y no siempre dan el resultado deseado.

El problema aquí es la construcción de consultas de Woocommerce y WordPress, al ser lentas y hacerlo todo por el mismo sitio, hace que todo vaya lento al haber tantos datos en la DB.

Por lo que comentas, podriamos empezar un debate que no llegaria a ningun lado.

Solo me queda decirte que deberias probar otra alternativa como Prestashop o Magento, con lo que te podrias encontrar con sus propios problemas o como te comente acudir a un profesional, ya que son ellos los que realmente saben.

Saludos y suerte